Los franciscanos de Jalisco se encuentran entre la espada y la pared. Por un lado, las autoridades gubernamentales no han mostrado interés en responder a las insistentes preguntas sobre los efectos que la construcción de la Línea Tres del Tren Ligero en Guadalajara está generando en el Templo de San Francisco de Asís.
El templo inició su construcción en 1531 como una capilla de adobe en Tetlán, después en el Barrio de Analco y posteriormente hacia 1568 se inició la construcción del actual edificio en lo que hoy es el centro de Guadalajara. La construcción en 1580 contaba ya con tres naves. Debido a diferentes circunstancias el templo y el convento han sufrido a lo largo de sus siglos de existencia distintos conflictos. Entre ellos destaca la destrucción de su huerta, dos capillas -la de San Antonio y la de San Roque-, la destrucción del convento, y un incendio. Hoy se encuentra agrietado y con posibilidades de colapsar.
Una cuestión que hay que aclarar es que en la relación con el arzobispado tapatío, los franciscanos deben seguir únicamente los lineamientos pastorales del Arzobispo, pero no están bajo su obediencia absoluta por tratarse de una Orden Religiosa de derecho pontificio.
Ante esta circunstancia los franciscanos están entre la espada y a pared: por un lado las autoridades no dan respuesta a su petición de información y resguardo de este bien nacional; y por el otro, un cardenal responsable de la pastoral y de la arquidiócesis que prefiere minimizar los datos técnicos. Una visita al lugar muestra a simple vista que están más protegidos los arcos de la Plaza que datan de mediados del siglo XX que el mismo templo.